Её первым председателем был назначен Ф. Э. Дзержинский. В задачи созданной комиссии входили «пресечение и ликвидация контрреволюционных и саботажнических действий по всей России, со стороны кого бы они ни исходили», предание суду Революционных трибуналов и выработка мер по борьбе с контрреволюцией и саботажем.